Пуэрто-ла-Крус имеет тропический климат с высокими температурами круглый год. Дневная температура обычно колеблется от 28 до 33°C, а ночью редко опускается ниже 23°C. Благодаря близости Карибского моря, жара смягчается морским бризом.
Самый сухой период длится с декабря по апрель и считается лучшим временем для отдыха и осмотра достопримечательностей. С мая по ноябрь идет сезон дождей с более частыми, кратковременными осадками, которые обычно длятся недолго. Температура воды остается в пределах 26-29°C круглый год, что обеспечивает отличные условия для купания и водных видов спорта.